Kenne den Effekt auch, der tritt bei mir nicht immer auf nur manchmal. Wenn man die App nicht ganz schließt sondern im Hintergrund weiter laufen läßt passiert das bei mir hin und wieder.
Allerdings habe ich den Eindruck das das nur passiert wenn man in einem anderen Fenster aktiv was tut, das heißt schließe ich die App über die 5 Finger oder den Homebutton und das IPAD geht auf Stand-Bye und die Zeit läuft weiter, spiele ich etwas anderes oder surfe über das IPAD passiert es ab und zu das die Zeit still steht.
Daher gehe ich hin lasse das Spiel auf dem IPAD laufen, und mache alles andere über mein MacBook in der Zeit wie z.B. Hier im Forum schreiben